Sessiz ve sakin Mossingham kasabasının üzerinde, gökyüzünde ortaya çıkan ne olduğu anlaşılamayan garip ışıklar, gizemli bir ziyaretçinin galaksinin ve samanyolunun ötesinden geldiğini haber vermektedir. Ancak yakındaki Mossy Bottom Çiftliği'ndeki muzur koyun Shaun'ın zihninde başka şeyler vardır; yaptığı birçok plan sürekli bıkkın Bitzer tarafından engellenmektedir.

Ancak bu şaşkın ve sevimli uzaylı, Mossy Bottom Çiftliği'nin yakınlarına inanılmaz bir güçle düştüğü zaman, koyun Shaun çok geçmeden uzay gücünde bir eğlence ve macera için büyük bir fırsat görür. Koyun Shaun, tehlikeli bir örgüt onu yakalamadan önce bu galaksilerarası ziyaretçiye evinin yolunu göstermek için zorlu bir mücadeleye girişir. Dünyanın geleceği Shaun ve sürüsünün ellerindedir. Onların başarısız olması dünyadaki her canlının kaderini belirleyecektir. Yaramaz koyun Shaun ve kalabalık sürüsü çok geç olmadan önce Mossy Bottom Çiftliği'ndeki Farmageddon'ı engelleyebilecekler midir?