Indiana Jones (Harrison Ford) bu sefer Hz. İsa'nın kutsal çanağını araştırırken kaybolan babası Henry Jones'u (Sean Connery) arıyor. Aynı çanağın peşine Naziler de düştüğünden Indiana Jones bir süre sonra babasının Naziler tarafından kaçırıldığını anlıyor.

Böylece izleri ve ipuçlarını takip eden Indiana, babasının yerini buluyor ama kendisi de yakalanınca Naziler hesabına kutsal çanağı baba oğul aramaya başlıyorlar. Ancak bulunan kutsal çanak kimseye de pek hayırlı gelmeyecektir...